Przed wygenerowaniem pierwszego sprawozdania finansowego w postaci pliku JPK należy przeprowadzić konfigurację po stronie modułu FK i modułu JPK.

Wszystkie słowniki konfiguracyjne związane z e-sprawozdaniami znajdują się w menu Kontroling -> e-Sprawozdania (konfiguracja).

Rys. Menu – słowniki konfiguracyjne dla e-sprawozdań

Struktury opublikowane przez MF dotyczą kilkunastu typów jednostek. Na początku konfiguracji opisywanej funkcjonalności należy wskazać typ jednostki (rodzaj struktury paczki sprawozdań), właściwy dla danej firmy. Wybór paczki dokonywany jest w słowniku Paczki sprawozdań dla firmy.

Kolejną czynnością po zainstalowaniu paczki jest wskazanie, jakie sprawozdania cząstkowe JPK będzie raportowała dana firma.

Struktury danych JPK zawierają pozycje wymagane, których użytkownik nie może zmieniać, przewidują też możliwość dodania dodatkowych pozycji przez użytkownika, o ile wynika to ze specyfiki firmy. Te dodane pozycje są nazwane pozycjami uszczegóławiającymi (używamy także pojęcia pozycje użytkownika). Praktycznie każda z wymaganych pozycji sprawozdań cząstkowych na każdym poziomie hierarchii może być rozbudowana o pozycje użytkownika. Podczas kopiowania z paczki wzorcowej są one oznaczane jako nieaktywne, więc aby z nich skorzystać należy zmienić ten atrybut. Pozycje użytkownika można edytować, dodawać i usuwać. Pozostałe pozycje (wymagane) nie podlegają edycji i nie można ich usunąć ze słownika.